Une dégradation des cours d’eau par l’altération de leur morphologie et par l’eutrophisation
L’ altération de la morphologie des cours d’eau (chenalisation des berges, seuils en rivière, barrages et détournement du lit mineur, busage des cours d’eau) est un premier facteur de dégradation de l’état écologique.
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Sur certains cours d’eau, la multiplication de nombreux ouvrages hydrauliques accentue l’eutrophisation, ainsi que la banalisation des habitats. De plus, elle crée des ruptures de continuités qui perturbent la vie piscicole et particulièrement celle des espèces de poissons migrateurs (salmonidés, anguilles).
L’apport en nutriments (nitrates, matières azotées et phosphorées) est responsable de l’eutrophisation. Malgré des évolutions des pratiques et la mise aux normes des élevages, ces apports proviennent pour une large part de l’activité agricole (lessivage des sols enrichis par des engrais chimiques ou organiques, tels que les effluents d’élevage). Dans une moindre mesure, les rejets domestiques contribuent également à ces phénomènes d’eutrophisation même si les impacts ont fortement diminué suite à la mise en conformité de la quasi-totalité des stations d’épuration urbaines. Ces phénomènes d’eutrophisation sont parfois aggravés par des étiages naturels sévères qui peuvent être accentués par des prélèvements.
En conséquence, la totalité des Pays de la Loire est classée zone sensible et plus de 80% en zone vulnérable.
Une attention particulière doit aussi être portée sur les plans d’eau. Ils sont le support d’usages exigeants en matière de qualité des eaux, tels que les loisirs (baignades et sports nautiques) ou l’alimentation en eau potable. C’est plus particulièrement le cas en Vendée où les retenues assurent l’essentiel de l’approvisionnement en eau potable de la population. Or sur ces plans d’eau sont observées des proliférations de cyanobactéries dont le développement est favorisé par les apports en nutriments.