Des cours d’eau à la qualité biologique globalement passable
Du fleuve Loire aux rus intermittents, tous les cours d’eau contribuent à la biodiversité régionale par les espèces et habitats naturels spécifiques qu’ils abritent. Leur nature linéaire leur donne souvent une fonction de corridor écologique. Rappelons ici la responsabilité régionale, à l’échelle du bassin de la Loire, pour la migration des poissons amphihalins.
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La qualité biologique des cours d’eau est une composante du bon état, au sens de la directive cadre sur l’eau (DCE). Elle dépend de la diversité et de la nature du milieu physique de la rivière et du niveau de pollution des eaux. Le suivi des différents indices biologiques réalisé par la DREAL montre un état globalement passable pour les rivières et fleuves de la région, s’expliquant davantage par la qualité insuffisante des eaux (nutriments et micro-polluants) que par la mauvaise qualité des habitats.
L’analyse de l’indice poisson, très bon intégrateur des perturbations s’exerçant sur les milieux aquatiques, fait apparaître pour l’année 2008, un état médiocre à très mauvais sur 70% des rivières de la région. La qualité est cependant plutôt bonne sur les têtes de bassin du nord de la région, moins altérées et bénéficiant de conditions naturelles plus favorables (débit et pente). En revanche, la partie sud de la région apparaît très perturbée, voire dégradée pour certains cours d’eau de Vendée et du Maine-et-Loire, en raison de conditions naturelles défavorables (faiblesse des débits).
Les nombreux ouvrages disséminés le long des rivières constituent une perturbation permanente des écosystèmes. En raison de cette dégradation, les peuplements les plus présents et en voie d’expansion sont des espèces très polluo-résistantes (gardon, goujon) ou exotiques (perche soleil, silure…). La disparition de la truite de la plupart des cours d’eau de tête de bassin (classés en bon état) illustre bien l’impact de ces diverses perturbations.
Au regard de ces différents paramètres, la Loire est globalement l’écosystème aquatique le plus fonctionnel de la région, malgré la perturbation du lien hydraulique et écologique du fleuve avec la plaine alluviale due à l’enfoncement du lit mineur (lié à l’ancienne exploitation des sables et aux ouvrages pour la navigation). Par ailleurs, la Loire et ses îles sont composées d’une mosaïque de milieux (rivières, boires, mares, grèves, berges naturelles avec ou sans ripisylves, prairies plus ou moins humides, bocages de têtards) abritant une biodiversité importante : plus de 1.300 espèces végétales répertoriées, nombreuses espèces d’oiseaux dont beaucoup relèvent de la directive Oiseaux, augmentation des populations d’espèces de mammifères ayant disparu ou fortement diminué en région (castor, loutre, par exemple)… La préservation de la qualité écologique du fleuve constitue un des axes du Plan Loire Grandeur Nature.